R：在 RStudio 中，我如何将 knitr 输出到不同的文件夹以避免弄乱我的驱动器？ ...

admin

<h2>R: In RStudio how do I make knitr output to a different folder to avoid cluttering up my drive?</h2>
& P: S! W" m3 ^, }& A+ N<div id="fc">
<p><center> </center></p>
' f* ?  S% \/ ]  {4 k! C<p>我正在使用 RStudio 的 knit HTMl 函数来输出一些演示文稿。但它总是将文件输出到我当前的工作目录。如何将其输出到另一个目录，以便我的目录干净，只有原始 .rmd 文件？</p>
4 V2 K  f5 ^9 `5 D# ~<div class="suo-content"><div style="text-align: right;">
                <div class="xControl"><i class="fa fa-caret-right"></i>
! y: j  S4 _" x" n- {0 i                        <span class="xTitle"></span>
2 G# v9 K" \  F" i- r) S8 Y( A                        相关讨论
6 o, L0 j9 }1 M1 a* E" ]* j                        <div style="clear: both;"></div>
                </div>
                <div class="xContent" style="display: none;"><p></p>
<ul>
<li>您需要使用 knit HTML 按钮吗？如果没有，你可以做 <wyn>rmarkdown::render('my.Rmd', output_file = 'folder/my.html')</wyn>
</li>
. V, r9 S- ^2 C% w/ G: i  f+ v" V<li>
7 ?$ _6 i/ v% y5 E1 v$ _* m: x另见：github.com/ropenscilabs/ezknitr</li>
</ul>
  \% q0 Q4 Q* r% h) s1 _/ R7 X<p></p></div>
        </div><p></p></div>
9 \2 g- d. N) M8 `$ V<hr>
<p>Rmarkdown 中提到的将输出文件定向到目录中的技巧对我有用。</p>
; J# C# X" u. a3 ~8 I+ t0 m. V<p>示例：将以下内容添加到 YAML 前导作为顶级项，以将输出写入 <wyn>pdf/</wyn> 子目录：</p>
<div class="codecolorer-container text dawn" style="overflow:auto;white-space:nowrap;width:100%;"><table cellspacing="0" cellpadding="0"><tbody><tr><td class="line-numbers"><div>1<br>2<br></div></td><td><div class="text codecolorer">knit: (function(inputFile, encoding) {<br>
  rmarkdown::render(inputFile, encoding = encoding, output_dir ="pdf") })</div></td></tr></tbody></table></div>
# w: O3 {1 J. h/ m: N' ?- P<div class="suo-content"><div style="text-align: right;">
                <div class="xControl"><i class="fa fa-caret-right"></i>
$ ~$ u( U3 @4 b8 h' v% k                        <span class="xTitle"></span>
                        相关讨论
1 G3 z! K8 z$ G% ?& I                        <div style="clear: both;"></div>
  Y  O4 w1 z) `5 \* B                </div>
* M, v1 m8 ]" I4 e9 {                <div class="xContent" style="display: none;"><p></p>
<ul>
<li>
这会以任何方式改变工作目录吗？我刚刚在我的prolog中添加了一个类似的片段(指定 <wyn>output_file</wyn>)，但是当我通过编织按钮编织文档时，不知何故不再找到某些对象。当我在prolog中注释掉新行时，一切正常。
</li>
<li>
  S# r. v1 j  e0 {: }; V/ r@stats-hb：我不知道，但是您可以使用包含显示 <wyn>getwd()</wyn> 的块的文档对其进行测试。
</li>
<li>
这对我有用，它不会改变工作目录。谢谢。
$ ^1 Y" `+ M: \8 Z( [3 l$ M# q</li>
<li>
2 _3 X  k4 L1 ]% ]是的，这很完美。非常感谢！
/ P8 E$ b" t6 h) d/ t: X2 X8 k2 l</li>
* M0 x* g' Q& A9 X& j8 g% ~<li>
@stats-hb 似乎它使用了 Knitr 默认值，其中 knit 目录是 .rmd 所在的位置，即使您使用 knit 按钮旁边的下拉菜单更改了 knit 目录也是如此。我将 <wyn>knit_root_dir = rprojroot::find_rstudio_root_file()</wyn> 添加到 <wyn>render</wyn> 调用中，它可以将 knit 目录设置为项目目录</li>
</ul>
4 g5 k0 o6 n9 \( X7 I" l2 j% N! C4 U8 O& c<p></p></div>
: M  C0 Q7 ^! q0 n; p        </div><p></p></div>
2 _. o  W# h6 F/ R8 u' b; w<hr>
2 U0 q# z/ K  u% m<p>正如 Eric 在评论中指出的那样，如果您愿意放弃 Knit HTML 按钮的便利性(它会生成与您的 <wyn>.Rmd</wyn> 一起存在的 HTML 文件)，您可以直接调用 <wyn>rmarkdown::render</wyn>。</p>
  c  K: [" j2 S4 f+ P; x9 `<p>然而，如果你真的需要自定义你的工作流程，你可以覆盖 Knit HTML 按钮来运行你通过 <wyn>rstudio.markdownToHTML</wyn> 选项运行的任何命令。此命令可以使用特定选项(例如输出目录)调用 rmarkdown 并执行其他预处理或后处理任务。此处的文档：</p>
<p><center> </center></p>
* q& A0 L" N- t: ?8 z<p>https://support.rstudio.com/hc/en-us/articles/200552186-Customizing-Markdown-Rendering</p>
<p>请注意，设置 <wyn>rstudio.markdownToHTML</wyn> 选项将关闭 RStudio 中一些较新的 RMarkdown V2 集成功能，因为 RStudio 将不再能够推断正在使用什么引擎来呈现文档。 </p>
<div class="suo-content"><div style="text-align: right;">
& N7 F+ Z- g7 j4 ^0 c                <div class="xControl"><i class="fa fa-caret-right"></i>
                        <span class="xTitle"></span>
                        相关讨论
/ s0 [- q3 U: g) K                        <div style="clear: both;"></div>
# S7 X1 p8 @3 U. m0 I5 x! s* z6 M                </div>
) X: f/ l5 Q- x1 q" L# D" d                <div class="xContent" style="display: none;"><p></p>
9 O4 `, R' v- A/ }2 G  X% I, L. G<ul>
* N. ~% E' Z# T<li>我仍在为此苦苦挣扎(试图让所有中间/结果文件转到 <wyn>/output/</wyn>，我很想使用 RStudio 按钮。你能提供一个 MWE 吗？不幸的是，上面的 rstudio 文档链接是付费墙或其他东西.
% Y4 w7 T3 |# F( N. i2 Z: L3 G4 O</li>
9 l7 f( C8 i' x# u: v<li>
& ^! k6 k  j# x! D链接现在失效了。
</li>
<li>
这里是存档页面：web.archive.org/web/20150920182851/https://support.rstudio.c??om/...
</li>
4 t( Q; j' `8 J0 B1 d6 \</ul>
<p></p></div>
        </div><p></p></div>
2 A% C  \$ [3 c& L# ?5 f$ ^% ^<hr></div>